En 1894, le capitaine Alfred Dreyfus, officier français de confession juive, est condamné à la déportation à vie pour avoir fourni des documents secrets à l'Allemagne. Le commandant Marie-Georges Picquart, promu lieutenant-colonel et chef du deuxième Bureau, découvre que le commandant Ferdinand Walsin Esterhazy est le véritable espion pour l'Allemagne et que son propre adjoint, Hubert Henry, sait que le véritable traître n'est pas Dreyfus mais Esterhazy, surnommé Dubois. Par devoir et sens de l'honneur, Picquart refuse d'obéir à ses chefs qui lui ordonnent d'étouffer l'affaire. Il est menacé, arrêté, emprisonné, mais persiste jusqu'à ce que la vérité éclate et que Dreyfus soit libéré et réhabilité. Pendant douze ans, cette « affaire » déchire la France de la Troisième République et fait scandale dans le monde entier.